Jayapura, 25 Maret 2009. Setelah menjalani empat kali tahap pemeriksaan, kali ini Buchtar Tabuni menjalani pemeriksaan tahap ke lima. Buchtar Tabuni dibawa oleh mobil kejaksaan dan digiring oleh dua truk Polisi menuju Pengadilan Negeri Abepura dari arah Jayapura pada tanggal 25 Maret 2009 sekitar pukul 09.00 WP. Seperti sidang-sidang sebelumnya, pihak polisi melakukan pengawalan ketat. Pihak keamanan terdiri dari kesatuan Samapta, Reskrim (Polresta, Polsek Abepura), dan Brimobda Papua ( termasuk tim gegana) dengan menggunakan senjata lengkap. Tepat pukul 10.30 sidang dibuka oleh Majelis Hakim yang diketuai oleh Manungku Prasetyo, SH dengan hakim anggota masing-masing Lucky Rombot Kalalo, SH dan Hotnar Simarmata, SH. Sebelum memulai sidang Buchtar Tabuni ditanyai tentang kesehatannya. Sidang dapat dilaksanakan karena Buchtar Tabuni dalam keadaan sehat ketika ditanyai. Sidang dilanjutkan dengan menanyakan keterangan saksi-saksi. Keterangan para saksi : Saksi Mario Warimon, Anggota Polresta Jayapura Mengikuti apel di Polsekta pada pk.06.00 untuk pengamanan unjuk rasa di Gapura Uncen. Ada surat perintah pengamanan tetapi tidak baca dan tidak tahu isinya. Saksi bertugas merekam proses demonstrasi. Tahu isi orasi di Gapura Uncen, dan ada pamflet (sapanduk) yang isinya reviuw Peperara 1969. Saksi melihat Buchtar di Uncen dan Ekspo. Selama orasi tidak ada gangguan keamanan. Semua berjalan lancar dan bisa dikendalikan. Massa berkumpul hendak ke Jayapura DPRP dengan tujuan apa, tidak diketahui. Saksi Pieter Kalahatu, Wakapolsekta Abepura Peran saksi pada pengamanan unjuk rasa adalah mengatur arus lalu lintas bersama seniornya, Pak Dance dari Polda Papua. Ada surat perintah pengamanan, tetapi tidak tahu isi suratnya. Pada kesempatan ini, PH Harry Maturbongs, SH meminta Majelis Hakim menghadirkan saksi atas nama Kapolresta dan Kapolsekta, tetapi ditolak. Saksi Habel Mansi, Kanit Lantas Polsekta Abepura Apel di Polsekta pk. 06.00 WP, selanjutnya melakukan sweeping di Lingkaran Atas Abe. Saksi ke Gapura Uncen dan lihat Buchtar Tabuni. Saksi bertugas mengatur jalannya arus lalulintas. Dan sepengetahuan saksi tidak terjadi kemacetan karena arus lalulintas dialihkan ke arah belakang ekspo. Saksi lebih banyak mengatakan tidak tahu karena sibuk mengatur lalulintas dan karenanya tidak memperhatikan apa yang dilakukan oleh massa dan terdakwa.
Sedangkan di luar sidang sekitar pukul 09.00 beberapa mahasiswa yang berusaha masuk ke dalam halaman kantor Pengadilan tidak diijinkan oleh aparat keamanan yang berjaga di pagar pintu masuk halaman pegadilan Negeri, Abepura. Pada pukul 10.00 WP, beberapa mahasiswa berkumpul di depan Regina moll. Pada pukul 10.45 WP, massa melakukan orasi damai yang dikawal oleh pihak keamanan. Pihak keamanan yang mengawal massa pada saat itu diperkirakan sebanyak 100 orang dan mahasiswa yang berorasi pada saat itu diperkirakan sebanyak 100 orang. Berikut ini beberapa isi dari orasi damai mahasiswa : kita datang di sini berbicara tentang demokrasi dan kebenaran, jadi kalau ada diantara kita yang sakit hati kita tahan. Kita tidak sadar bahwa ketika kita semua berintegraksi di Indonesia, maka sama saja kita mengaktifkan bom waktu untuk membunuh kita punya ras, kita punya bangsa 30 tahun mendatang. Maka itu Kita minta supaya Buchtar Tabuni dibebaskan, dan yang harus memperjuangkan ini adalah teman-teman semua. Buchtar, bebaskan Buchtar Bebaskan Buchtar bebaskan massa menyanyikan lagu : stop baku tipu, stop baku tipu, stop baku tipu di luar sidang, di luar sidang, diiringi dengan sebuah guitar akustik. Yang kita inginkan hanya satu, kami hanya inginkan referendum itu saja. Karena kami minta itu, makanya dong sengaja mo iris tong punya leher, kita semua nanti dapat bagian satu-satu, kamu siap untuk lawan.
Setelah mengalami penangkapan tanggal 3 Desember 2008, Buchktar Tabuni menjalani masa tahanan untuk menjalani proses persidangan. Buchtar Tabuni didakwa melakukan perbuatan Makar pada aksi IPWP (Inter-Parliamentarian for West Papua) tgl. 16 Oktober 2008, menghasut dan melawan petugas berwenang sebagaimana tercantum dalam 106 KUHP jo 110 KUHP dan pasal 212 KUHP dan pasal 216